Den andra nivåens biologiska säkerhetsskåp är samma som det biologiska säkerhetsskåpet. Gasen strömmar också från utsidan till det sekundära biologiska säkerhetsskåpet, vilket vanligtvis kallas inflödet. Inflödet förhindrar att aerosoler som genereras under mikrobiologiska operationer undviker att flyga från kabinettets främre funktionsfönster till laboratoriet. De skiljer emellertid från primära biosäkerhetsskåp genom att endast HEPA-filtrerad (steril) luft får flöda över arbetsytan. En inbyggd fläkt drar luft genom främre öppningen in i skåpet och in i frontgallret. Därför kommer den luft som inte filtrerats av filtret inte direkt in i arbetsområdet, varigenom de prov och instrument som lagras inuti säkerhetsskåpet skyddas från att de är förorenade av yttre luften.
En unik egenskap hos det sekundära biologiska säkerhetsskåpet är att filtret filtreras av vertikala skiktade (icke-riktiga) HEPA-filter och ett nedåtriktat luftflöde bildas inuti skåpet. Det konstanta flödet av luft kan skapa inre luftburna infektioner inuti skåpet och därigenom skydda de prov som lagras i skåpet från infektion. Denna typ av luftflöde kallas sänkning.
Huvudskillnaden mellan olika typer av sekundära biologiska säkerhetsskåp är att andelen avgas och den andel gas som recirkuleras genom luften vid högt tryck är olika. Dessutom har olika sekundära biologiska säkerhetsskåp olika utblåsningsmetoder: Vissa säkerhetsskåp filtrerar luft direkt in i rummet, och vissa släpps ut genom höljet som är anslutet till den dedikerade ventilationsledningen eller genom byggnadens avgassystem. Utanför byggnaden.
Utöver de ovan nämnda skillnaderna kan alla sekundära biologiska säkerhetsskåp, som biologiska säkerhetsskåp i Tier 1, skydda operatörer och laboratoriemiljöer mot skador. Dessutom skyddar den sekundära säkerhetsskåpet också produktproverna från kontaminering under mikrobiella operationer. Det sekundära biologiska säkerhetsskåpet kan användas vid den biologiska faktoroperationen på en, två eller tre nivåer av biologisk säkerhet.